Kehutanan merupakan salah satu sub sektor yang memberikan sumbangan yang cukup besar terhadap PDRB Kabupaten Paniai. Besarnya kontribusi sub sektor kehutanan ini selain potensi lahan yang sangat luas juga karena dalam sub sektor ini sudah masuk investor-investor swasta. Potensi hutan yang terkandung di Kabupaten Paniai berupa hutan lindung, hutan PPA, hutan produksi konservasi, hutan produksi terbatas, hutan produksi tetap dan hutan lain-lain.
Hutan di wilayah Kabupaten Paniai sama dengan daerah lainnya di Provinsi Papua yaitu termasuk dalam anggota formasi indo-malaya yang merupakan hutan tropis. Hutan di daerah ini tumbuh bercampur secara heterogen dengan jenis-jenis antara lain: Araucaria, Librocedus, Grevillea, Metrosideres, Tristania, Melaleuca, Dacrydium, dan lain-lain. Jenis pohon yang beraneka ragam tersebut masih banyak yang belum dikenal dalam dunia perdagangan.
Tumbuhan atau jenis yang merupakan kekhususan dari Papua yang terdapat di wilayah ini ialah Papua Cedrum Sp dan Pordocarpus Papuanus. Selain itu terdapat pula Eucalyptus Deglupta yang pada umumnya tumbuh di daerah dataran rendah. Jenis tumbuhan lain adalah Medang, Pulai, Agathis, Nyatoh, Lau, Merbau, Kazae, Aduale, Nase, Sinore, Ampou, Aimamfiau, Kenari, Nausindor, Melur, Bintangur, dan Binuang.
Berdasarkan Rencana Tata Ruang Wilayah Kabupaten Paniai 2011, maka pembagian hutan menjadi hutan lindung, Kabupaten Paniai memiliki hutan lindung seluas 5.798,58 ha yang tersebar diseluruh distrik. Sedangkan untuk hutan PPA terletak di bagian timur distrik Bibida dengan luas 241,17 ha. Berdasarkan hasil peta padu serasi Kabupaten Paniai tahun 2009/2010 maka hutan lindung memiliki proporsi luas yang paling banyak, yaitu sekitar 77,43% atau selus 9.719,35 ha atau sekitar 53,68% dari luas total kabupaten. Jika dibandingkan dengan hasil Bakosurtanal pada tahun 1986, dengan luas hutan lindung seluas 8072,01 ha, maka saat ini di Kabupaten Paniai mengalami peningkatan luasan hutan lindung.