Kegiatan sektor perkebunan di Kabupaten Paniai berupa perkebunan rakyat. Produksi tanaman perkebunan rakyat yang dominan adalah kopi, dimana tercatat pada tahun 2010 perkebunan kopi mempunyai luas lahan 291,45 ha dengan jumlah produksi sebesar 38,05 ton. Beberapa Distrik penghasil kopi terbesar di wilayah Kabupaten Paniai adalah Distrik Aradide, Distrik Bogobaida, Distrik Paniai Timur, Distrik Paniai Barat, dan Distrik Bibida.
