Sektor pertambangan mempunyai peranan yang cukup signifikan dalam struktur perekonomian Kabupaten Paniai. Sektor pertambangan belum sepenuhnya berkembang di Kabupaten Paniai. Usaha-usaha pertambangan masih dilakukan secara pertambangan rakyat dengan sifat usaha tradisional. Usaha-usaha pertambangan modern belum sepenuhnya berjalan, beberapa diantaranya masih dalam tahap eksplorasi.
Sebagaimana lazimnya daerah lainnya di Propinsi Papua, wilayah Kabupaten Paniai juga terdapat potensi bahan tambang seperti batubara, emas, besi batu kapur dan kualin. Penyebaran potensi bahan galian tambang di Kabupaten Paniai adalah sebagai berikut:
- Batubara, endapannya ditemukan di Distrik Aradide, Bogobaida, Paniai Barat, Siriwo dan distrik lainnya di Kabupaten Paniai.
- Emas di temukan di sepanjang kali Degeuwo distrik Bgobaida, Aradide, dan Paniai Barat.
- Besi, ditemukan di Puncak Cartenz, jumlah cadangan besi diperkirakan sebesar 4% dari tembaga dan perak.
- Batu kapur, di temukan di distrik Paniai Timur dalam jutaan meter persegi.
- Pasir kualin terdapat di distrik Paniai Barat.
Namun demikian pemanfaatan sumber daya tersebut masih sangat terbatas, kecuali bahan galian C (batu kapur dan pasir kualin) yang biasanya dimanfaatkan baik untuk pembangungan jalan dan jembatan, bangunan maupun rumah-rumah penduduk. Untuk sumber daya lainnya masih dalam tahap eksplorasi.
Untuk memenuhi kebutuhan energi di Kabupaten Paniai, telah tersedia pembangkit listrik dengan menggunakan tenaga diesel di wilayah Ibukota Kabupaten di Enarotali dan Madi. Dari tahun sembilan puluhan dua distrik yaitu Distrik Aradide, dan Distrik Paniai Barat, telah mendirikan sebuah Pembangkit listrik dengan menggunakan tenaga air di wilayah ibukota distrik di Toyaimuti, dan di Obano.
Kebutuhan energi listrik untuk wilayah perdesaan di Kabupaten Paniai, selama jangka pendek sepertinya belum dapat ditangani secara komersial, tetapi lebih kepada kegiatan yang bersifat ”kebijaksanaan”. Namun demikian, untuk jangka menengah harus sudah dimulai diarahkan kepada pengusahaan kelistrikan perdesaan yang dikelola secara komersial. Khusus di Kabupaten Paniai yang merupakan daerah pedalaman dengan kondisi geografi yang cukup luas dan merupakan pegunungan terjal dan curam dengan penduduk yang sedikit serta penyebarannya tidak merata.
Untuk memenuhi kebutuhan kelistrikan di wilayah perdesaan, maka ada beberapa hal yang harus diperhatikan, yaitu:
- Penyediaan sarana pembangkit listrik, seperti PLTD, Pembangkit Listrik Tenaga Mikrohidro (PLTM) dan Pembangkit Listrik Tenaga Surya (PLTS).
- Penyediaan sarana tersebut di atas dapat dikaitkan dengan kegiatan pemerintahan atau pun non pemerintahan yang diharapkan dapat disambungkan pada beberapa rumah penduduk sebagai bagian dari kegiatan ekonomi.
- Bentuk pengusahaan kelistrikan pedesaan yang dikelola secara komersial adalah dalam bentuk kerja sama antara PLN dengan KUD-KUD yang telah ada baik di kecamatan/desa.