Peternakan di Kabupaten Paniai tidak begitu menonjol jika dibandingkan dengan sub sektor tanaman pangan. Jenis hewan yang diternakkan meliputi babi, kambing, sapi, ayam petelur, ayam kampung, kelinci dan itik manila. Populasi hewan ternak jenis babi merupakan jumlah terbesar dibandingkan dengan jenis hewan ternak lainnya yaitu tercatat pada tahun 2010 berjumlah 19.868 ekor.
